『熟成ふなぐち』は『ふなぐち』と同様に生原酒（＝生酒）のため、火入れとよばれる加熱殺菌が一切行われません。そのため、お酒のなかには麹（こうじ）によってつくられた酵素が生きています。酵素とは、ある物質を違うかたちにつくりかえるはたらきをする物質です。例えば、ごはんを口の中で噛み続けていくと、だんだん甘くなっていきます。これは、口のなかで“酵素”がつくられ、ごはんの主成分であるデンプンがブドウ糖につくりかえられるためです。

お酒のなかでも同じような変化が起こります（※下図参照）。熟成させる前のお酒のなかには、デンプン質や、タンパク質など、さまざまな物質が溶け込んでいます。これらの物質が熟成期間中に変化するのです。
もっとも代表的な変化は、デンプン質物質やタンパク質がそれぞれブドウ糖やアミノ酸に変化することです。アミノ酸は、旨味のもとになる物質のひとつです。ブドウ糖が増えるとお酒は甘口になり、口当たりの良い飲み口になります。また、アミノ酸が増えるとコクのあるタイプのお酒になります。

また、お酒の中には水が多く含まれています。水は、H 2 O という分子がつながった形をしています。熟成期間中、お酒に含まれる水分子どうしの結合が少しずつ切れてきます。その結果、水がやわらかくなり、なめらかなお酒となるのです。